有些良性瘤继续发展可转变为恶性瘤。判断良性瘤恶变，一方面要在良性瘤的基础上找到确实可靠的恶性形态学依据，另一方面，要排除另一原发性瘤侵入良性瘤的可能性。
1.上皮性肿瘤的恶变
上皮性肿瘤的恶变简称癌变，如皮肤或黏膜的乳头状瘤或黏膜白斑转变为乳头状癌或鳞状细胞癌。腺瘤(包括黏膜的腺瘤样息肉)转变为腺癌。癌变的形态特点大致如下：
(1)在乳头瘤或腺瘤结构中出现小片明显间变，上皮的分层或腺管排列紊乱，细胞极向消失，腺管出现共壁或出芽。
(2)核分裂增多，尤其出现不典型核分裂，对诊断癌变有更重要意义。
(3)部分瘤组织侵入周围间质或侵入淋巴管、血管及侵破包膜。
判断癌变既根据细胞形态的间变，又根据组织的行为(即有无浸润)。一般说来，形态特点与行为的变化是一致的。但也可以不一致，如有些内分泌腺的腺瘤，虽见到明显的细胞间变，但多个切片均见不到侵犯，仍保持腺瘤诊断;反之，细胞分化很好，找不到明显间变，却已侵入血管或侵破包膜，则应肯定为癌变。
发生于各种组织和各个部位的良性瘤，其癌变率不同。皮肤乳头状瘤(包括女阴乳头状瘤)，很少恶变，而卵巢浆液性乳头状囊腺瘤则恶变率较高。
2.间叶组织肿瘤
间叶组织肿瘤的恶变称肉瘤，其特点如下：
(1)良性瘤的结构中出现明显的细胞间变、异型性。明显间变对诊断肉瘤变参考意义较大。
(2)核分裂，特别是不典型核分裂，对诊断某些肿瘤的肉瘤变有参考意义。
(3)肿瘤中出现明显的细胞密集区域或坏死区域也有助于诊断。
肉瘤变较常见于纤维瘤或某些软骨瘤、平滑肌瘤。而脂肪瘤恶变极罕见。在体表的纤维瘤很少恶变，而深部的纤维瘤恶变则较多见。
3.多胚层良性瘤的恶变
良性畸胎瘤的恶变，可为单胚层组织恶变，也可为多胚层组织的同时恶变，前者占绝大多数，后者极少见。单胚层组织恶变以癌变最常见，如鳞状细胞癌，肉瘤变很少见。
